Początki dziejów sięgają XV w. kiedy to, jak głosi legenda, przez Rymanów jechał król Władysław Jagiełło, zatrzymał się w Rymanowie u Dobiesława Oleśnickiego rycerza spod Grunwaldu. Spotkanie przebiegało w miłej atmosferze przy suto zastawionym stole i wspomnieniach z bitwy pod Grunwaldem. Król wspominał walecznych i czujnych chłopów-rycerzy litewskich, którzy uratowali mu życie, gdy został zaatakowany przez krzyżaków. Odwaga litewskich rycerzy tak zaintrygowała żonę Dobiesława Katarzynę, że poprosiła Króla, by przysłał na jej ziemię 50 rodzin rycerskich z Litwy. W rok później przybyli osadnicy z Litwy i zostali osiedleni nad potokiem Silskim. Żyli tam przez kilkanaście lat, ale z powodu niedostatku wody, dużych odległości do pól uprawnych i nowo założonego sołectwa we wsi Pawłowa Wola (odrabiali tam pańszczyznę), osadników przeniesiono nad potok Głęboki powyżej Pawłowej Woli. Osadzie nadano nazwę Głębokie[potrzebnyprzypis].
Głębokie lokowane w 1437 na prawie polskim, pod nazwą Pawłowa Wola. Od XVII wieku stosowana nazwa – Głębokie. Do II wojny światowej wieś stanowiła enklawę o przewadze ludności polskiej na terenie zamieszkanym głównie przez ludność rusińską.
Akt lokacyjny dla wsi został wydany 29 września 1437 w Rymanowie przez Dobiesława z Oleśnicy dla Zygmunta za wierną służbę. Sołectwo Pawłowa Wola lokowane było na prawie niemieckim. Parafia w Głębokiem istniała do 1670, kiedy to został zabity proboszcz, a biskup nie wyraził zgody na przysłanie nowego duszpasterza. Od tego roku msze w kościele odbywały się sporadycznie. Parafia została przywrócona dopiero w 1932, natomiast ksiądz wikary oddelegowany z parafii rymanowskiej spełniał posługę kapłańską w kościółku od 1903[potrzebnyprzypis].
W czasie reformacji właściciele folwarku hrabia Jan i Stanisław Janowscy przeszli na luteranizm.
W 1863 Ferdynanda Eligiusz Janowski wybudował jedną z pierwszych kopalni ropy naftowej w Polsce. Powstała na działkach pod lasem głębockim i w dolinie potoku Silskiego. W zakresie budowy i wydobycia ropy Janowski współpracował z Ignacym Łukasiewiczem, a z Zielińskimi z Kłęczan w sprawie sprzedaży ropy. Dochody ze sprzedaży ropy przeznaczył na uposażenie swoich córek. Kopalnia ta eksploatowana była do 1948, kiedy to wydobycie ropy stało się nieopłacalne. Po starej kopalni zostały obecnie tylko studnie zabezpieczone sosnowymi belkami porośnięte mchem i ślady po dawnych szybach zabezpieczone metalowymi rurami.
W 1905 Adolf Poźniak posiadał we wsi obszar niespełna 350 ha (dwa folwarki: górny 152,6 i dolny 193,8)[2]. W 1911 właścicielami tybularnymi byli Mechel Jakubowicz (folwark górny i dolny) i Adolf Poźniak, posiadający 214 ha[3].
W czasie I wojny światowej stacjonowały wojska rosyjskie oraz kozacy. Wójtem został Paweł Hajduczek. Z tamtego okresu istnieją dwa dokumenty z pieczęcią okrągłą i napisem: Gmina Głębokie po obwodzie pieczęci, zaś w środku jest znak: skrzyżowana kosa z (prawdopodobnie) grabiami, a na nich sierp.
13 grudnia 1942 w wyniku prowokacji radzieckiego oficera, byłego jeńca, który przeszedł na kolaborację z Niemcami, wieś została spacyfikowana przez wojsko niemieckie, 13 domostw spłonęło. Partyzanci Jan Urbanik i Adam Golowski zostało powieszonych. 15 września 1944 Niemcy wysadzili kościół, plebanię i spalili 50 domów. Zginęło 21 mieszkańców.
Po II wojnie światowej odbudowano spalone domy, przeprowadzono parcelację gruntów podworskich, łącznie 77 ha, z parcelacji wyłączono park dworski a lasy upaństwowiono.